本书的撰写始于20世纪40年代初，成于60年代初，全书于1963年由人民出版社出版，凡五卷六册，洋洋260万言。
　　第一卷以侯先生著《中国古代思想学说史》为基本框架，融会了杜国庠《先秦诸子思想概要》与赵纪彬《古代儒家哲学批判》（后再版时易名为《论语新探》）中的见解与史料，论述了殷周礼乐文明、孔墨显学与诸子百家之学。

　　第二卷涉及两汉思想，着重论述儒学的官学化与神学化、正宗思想与异端思想的对立、无神论与有神论的对立、唯物主义与唯心主义的对立、经今古文之争以及汉末清议。其中指出，董仲舒的《公羊春秋》学把儒家以道德情操为基础的正名主义加以庸俗化，把阴阳家的五行说加以唯理化，把秦汉王朝更替归结为奉天承运的天道之必然，把专制制度神化为官制象天的、永恒不变的神圣法则；同时，论述了《白虎通德论》统一今古文学异议的学术意义与政治意义；此外，该卷把王充、王符、仲长统等异端思想家首次列入思想史的论述中。

　　第三卷论述魏晋玄学的思想流派、葛洪的外儒术内神仙的金丹道教思想、佛学及范缜的无神论思想。其中，着重探讨了由汉末经师的融通古今、不拘师法，到魏晋名士的风流放诞、发言玄远的经济政治原因；并从魏晋名门的合同离异来分析魏晋思想的合同离异，探讨了清谈玄学的政治根源。

　　第四卷分上下两册，论述隋唐宋元明各代思想学术，涉诸经学、佛学、史学思想、理学以及反理学思潮。其中，第一章“中国封建社会的发展及其由前期向后期转变的特征”作为全卷的理论背景依据，以中国封建社会土地国有制为其理论支点，着重论述了处于中国封建社会由前期向后期过渡中的唐代社会经济的发展和变化，地主阶级统治形式的改变、等级制度的再编制，由此进而分析了唐代专制主义政权的阶级支柱、统治阶级内部豪族地主和庶族地主的联合与斗争、以及唐宋党争的实质。

　　第五卷脱胎于侯著《中国近世思想学说史》上册，以“六经责我开生面”的王船山思想开篇，以维新先驱龚自珍勇敢的历史预言结束，论述了明清之际至鸦片战争前的早期启蒙思想。其中，详尽分析了章太炎具有科学性的成就、重大思想变迁以及复杂的哲学面貌。

　　此外，侯外庐著《中国近世思想学说史》下卷论述了清朝末叶至民国初期的启蒙思想，后经侯先生的学生与助手黄宣民先生校订，以《中国近代启蒙思想史》为名于1993年由人民出版社再版，堪为《中国思想通史》的第六卷。另外，侯外庐于70年代末曾主编出版《中国近代哲学史》（人民出版社， 1978年），论及鸦片战争到“五四”运动时期的哲学与社会思潮，在内容上可与《中国近代启蒙思想史》互为补充。

　　这样，《中国思想通史》上始自周公、孔子，下迄于孙中山、鲁迅，涉诸哲学思想、逻辑思想与包括政治、经济、法律、道德等思想在内的社会思想，通贯上下数千年的中国思想发生发展的全过程。可以说， 本书不仅是迄今学术界最为完整的一部中国思想通史，也是目前仍无人能整体超越的中国思想史巨著。

　　关于《中国思想通史》撰写中所遵循的原则与规范，侯外庐先生总结了如下五点：一，社会历史阶段的演进，与思想史阶段的演进，存在着什么关系。二，思想史、哲学史出现的范畴、概念，同它所代表的具体思想，在历史的发展过程中，有怎样的先后不同。范畴，往往掩盖着思想实质，如何分清主观思想与客观范畴之间的区别。三，人类思想的发展与某一时代个别思想学说的形成，其间有什么关系。四，各学派之间的相互批判与吸收，如何分析究明其条理。五，世界观与方法论相关联，但是有时也会出现矛盾，如何明确其间的主导与从属的关系。（《韧的追求》，三联书店1985年版，第267页。）

　　《中国思想通史》的巨大成就与特色，是与侯外庐等先生的独特的理论素养、知识体系、治学路数以及所浸润的时代精神分不开的。今天我们对之进行反思，大致讲来，似有如下三点：

　　（一）原典马克思主义。我们知道，侯外庐是《资本论》的最早的中文翻译者之一，他受李大钊之托，为翻译马克思的这部巨著于1927年负笈法国，学习德文与法文，展转多年，研习了大量马克思和恩格斯的原著以及西方哲学、文学、经济学和法学著作，对《资本论》等马克思的经典著作有着准确的理解与精深的研究，这不同于曾在中国一度盛行的“俄化的”或曰“斯大林式”的马克思主义。用何兆武先生的话说，侯外庐是“最大限度的原典马克思主义”。对马克思主义的准确与深刻的把握，为他日后研究中国思想史奠定了坚实的理论基础与实事求是的科学学风。当然，在一度盛行于中国的马克思主义教条化、阶级斗争化和庸俗化的政治与学术环境里，像侯外庐这样的马克思主义者倒成了异端或另类。比如，侯外庐依据《资本论》的本义，指出生产方式的定义应为：“特殊的生产资料和特殊的劳动者二者的特殊结合方式。”（《韧的追求》，第227页。）认为不应把生产方式归结为生产力与生产关系的简单相加。结果，由于所谓“跟斯大林唱对台戏”而在50年代受到批评。又比如，在50年代侯外庐提出中国封建土地国有制即皇权垄断的土地所有制，并从所有权、占有权和使用权等层面对此做了深入阐发。结果，侯外庐的这一说法又被指为“教条主义”、“修正主义”，说他否定土地改革的必要性，遂受到政治上的严厉批判。（《韧的追求》，第254至255页，第249页。）当然，所幸的是，侯外庐的实事求是的科学态度与坚持真理的执著精神，使《中国思想通史》免于人云亦云、追风赶潮的弊端，保持了学术的独立性与纯洁性，维护了学术的尊严与神圣。

　　（二）民主与科学精神。作为马克思主义的史学家，侯外庐一方面在治学上秉承了实事求是的科学态度与坚持真理的执著精神，另一方面，在价值取向与学术立场上，又坚持了马克思主义人道主义与对专制权力的批判精神。而这两点，恰与“五四”的民主与科学精神相契合。

　　（三）从社会史把握思想史。在思想史的研究中，侯外庐运用马克思的历史唯物主义，强调社会存在对社会意识的决定作用，注重思想史与社会史的内在联系与矛盾运动，从社会历史背景来把握和透视思想观念。作为著名的马克思主义的史学家和思想家，他对中国几千年的社会史有着深刻而独特的理解，形成一整套的系统理论。他对思想史的深邃阐发，是以其对中国社会历史的精深理解为依托的，因而，立论每每准确深刻，坚实确凿，有着极强的理论穿透力与历史厚重感。

　　当然，无庸讳言，侯外庐主编的《中国思想通史》，也有其不足与遗憾。要言之，一是本书文字艰涩，深奥难懂，非有一定专业素养的学者难以入其堂奥；另一缺憾是，全书各卷成书时间跨度较大，由于社会与学术环境的不同，各卷的分量亦有参差。